Nato a Berna nel 1951, Thomas Indermühle è il rampollo di una famiglia svizzera di musicisti. Ha studiato con Heinz Holliger all'Università di Musica di Friburgo in Brisgovia e con Maurice Bourgue a Parigi.

In seguito, ha trascorso diversi anni come oboista solista nella Netherlands Chamber Orchestra di Amsterdam e nella Rotterdam Philharmonic Orchestra. Nel 1974 è stato premiato al Concorso Internazionale di Praga e nel 1976 ha vinto il Concorso Internazionale ARD di Monaco.

Da allora, è apparso come solista in quasi tutti i paesi europei, negli Stati Uniti, in Canada, Messico, Giappone, Corea e Australia. Compositori importanti come Manfred Trojahn, Wolfgang Rihm, Akira Nishimura e David Philip Hefti hanno scritto concerti per oboe per essere suonati da Thomas.

Di grande importanza per lui sono anche il suo "Ensemble Couperin", la sua attività di direttore d'orchestra e il lavoro con i suoi studenti. Dal 1984 Indermühle è responsabile di una classe di oboe all'Università di Musica di Zurigo e nel 1989 è stato nominato professore all'Università di Musica di Karlsruhe.

Ha registrato per Philips, EMI, Claves, Novalis e Camerata Tokyo.